中國水產科學研究院長江所發布首個圓口銅魚高質量參考基因組圖譜
時間：2025-01-23 09:18 來源：中國水產科學研究院
近日，中國水產科學研究院湖庫增殖漁業創新團隊在圓口銅魚種質資源鑒定和挖掘方面取得新進展，發布了首個高質量的染色體水平參考基因組。相關研究成果于2024年5月首次在國際權威公共數據庫NCBI上公布，并于近日以《Chromosome-level genome assembly and annotation of largemouth bronze gudgeon （Coreius guichenoti）》為題在國際期刊Scientific Data（Q1，2023IF=5.8）在線發表。李學梅研究員為論文第一作者，朱挺兵副研究員為通訊作者。
時間：2025-01-23 09:18 來源：中國水產科學研究院 圓口銅魚（Coreius guichenoti）是長江上游特有的產漂流性卵魚類。其是以動物性食物為主的雜食性魚類，并具有強應激性、人工馴養易患小瓜蟲病等特點，俗稱“出水爛”。由于其味道鮮美、生長較快，歷史上曾是產區的主要經濟魚類之一。近幾十年來，受過度捕撈、水電開發、棲息地破壞等因素影響，該物種的種群資源急劇下降，瀕臨滅絕，已被列為國家二級重點保護野生動物。因此，保護其種質資源并防止種群衰退至關重要。目前，圓口銅魚在繁殖與發育、食性、生理生化、人工繁育及應激緩解等方面已得到廣泛研究。然而，關于其全基因組的研究卻是空白的，制約了對其遺傳資源的保護與充分利用。
團隊利用PacBio 和 Hi-C 技術，對圓口銅魚基因組進行了組裝，首次獲得了高質量的染色體水平圓口銅魚參考基因組。該基因組的大小為1100.1 Mb，Contig N50為25.0 Mb，其中97.9%的序列被掛載到25條染色體上。該基因組共注釋到731.0Mb的重復序列，以及22506個蛋白質編碼基因。質量評估顯示，該基因組的BUSCO評估值為96.2%。物種進化分析表明，圓口銅魚與銅魚親緣關系較近，它們在約 2070 萬年前從共同祖先分化而來。這些發現為圓口銅魚適應性進化、優異種質基因資源挖掘、強應激和小瓜蟲病易感機制等研究提供了重要數據。
該研究獲得中國水產科學研究院基本科研業務費（2023TD61）、國家現代農業產業技術體系（CARS-46）和江西省重點研發計劃（20223BBF61010）項目的資助。研究論文全文下載地址為：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04416-y。
